为了夺取地球，新的敌人以及神秘的巨大怪物体从宇宙出现了！ 而由超进化研究所秘密开发的「进化先锋ALFA-X」掌握这一切的关键…！？ 过着平静生活的隼人等人的进化先锋小队的战斗再次拉开帷幕——！！ 由於敌人的突袭，隼人的父亲北斗失踪了。而随後出现的是，超越时空而来的「9岁的北斗」！被光之粒子包围穿越时空的「少年北斗」为了保护地球，为了回到原来的世界，决心成为集结最新技术完成的「进化先锋ALFA-X」的驾驶员。与二人的热情一起，从北海道支部·山形支部·大宫支部·名古屋支部·京都支部·门司支部
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