《横滨购物纪行》的故事背景设定为一个风平浪静的末世时代，人类文明在遭受大规模气候灾变之後已经接近消亡。剧中并未详细解释发生了何等灾害，但海平面显着地不断上升，使横滨这样的港口城市沉入水下，富士山也在灾变中改变形状成为破火山口。地球上的人口大为减少，剩下的人类普遍过着悠闲的生活。虽然文明的灭亡近在眼前，但没有英雄人物站起来抗争，剧中的人类平静地接受了这一命运。
初濑野阿尔法是一个开咖啡店的女性机器人，店名「Cafe Alpha」，位於三浦半岛西南方一个偏僻且交通不便的悬崖边。她的男性「主人」外出旅行後从不露面，使阿尔法独守罕有客人上门的咖啡店，但後者却拥有乐观的生活态度。作为机器人的阿尔法是没有寿命限制的。
《横滨购物纪行》的大部分内容都是关於阿尔法生活中的琐碎小事，或独处，或陪伴客人、外出访友。每隔一年或数年阿尔法会去横滨购买咖啡店的用品，这便是标题《横滨购货纪行》的由来。几乎所有剧情都由煮咖啡、闲聊、拍照、修理模型飞机引擎之类无关紧要的活动构成，经常在一整篇中只有少数几句对话。作者擅长在剧情中强调时间的流逝导致的变迁，如咖啡屋即将被海面吞没，邻家的孩子长大离家等等细节，表达依依不舍的感情。
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